A consolidação do Grupo Hospitalar Conceição em polo de pesquisa é um dos principais eixos da gestão da instituição. O Setor de Pesquisa, da Gerência de Ensino e Pesquisa (GEP/GHC), desde sua criação, visa, ano a ano, qualificar as atividades no que se refere à pesquisa e tem como proposta uma política voltada para as necessidades do Sistema Único de Saúde e da instituição. No ano de 2016, foram protocoladas para desenvolvimento 388 pesquisas entre institucionais, protocolos clínicos e outros, 69 a mais que em 2015.
A área que mais protocolou projetos foi a de Medicina, com 168 pesquisas, depois a de Enfermagem, com 79, seguida da de Saúde Coletiva, com 76. Na sequência, estão as áreas de Farmácia, de Odontologia, de Fisioterapia e Terapia Ocupacional, de Psicologia, de Nutrição, de Serviço Social, de Educação Física e de Fonoaudiologia.
